(Το άρθρο 39Α τέθηκε όπως αντικαταστάθηκε με την παράγραφο 2 του άρθρου 11 του ν. 4110/2013. και έχει τροποποιηθεί μεχρι σήμερα)
1. Όταν μεταξύ ημεδαπών επιχειρήσεων, οι οποίες συνδέονται κατά την έννοια της παραγράφου 3, πραγματοποιούνται πωλήσεις αγαθών ή παρέχονται υπηρεσίες με οικονομικούς όρους διαφορετικούς από εκείνους που θα είχαν συμφωνηθεί μεταξύ ανεξάρτητων επιχειρήσεων, τα κέρδη τα οποία, χωρίς τους όρους αυτούς, θα είχαν πραγματοποιηθεί από την επιχείρηση αλλά τελικά δεν πραγματοποιήθηκαν λόγω των ανωτέρω όρων, θεωρούνται κέρδος της επιχείρησης αυτής, με το οποίο προσαυξάνονται τα καθαρά της κέρδη, χωρίς να θίγεται το κύρος των βιβλίων και στοιχείων.
2. Όταν μεταξύ ημεδαπής και αλλοδαπής επιχείρησης οι οποίες συνδέονται κατά την έννοια της παραγράφου 3, πραγματοποιούνται πωλήσεις αγαθών ή παρέχονται υπηρεσίες με οικονομικούς όρους διαφορετικούς από εκείνους που θα είχαν συμφωνηθεί μεταξύ ανεξάρτητων επιχειρήσεων, τα κέρδη τα οποία, χωρίς τους όρους αυτούς, θα είχαν πραγματοποιηθεί από την ημεδαπή επιχείρηση αλλά τελικά δεν πραγματοποιήθηκαν λόγω των ανωτέρω όρων, θεωρούνται κέρδος της επιχείρησης αυτής, με το οποίο προσαυξάνονται τα καθαρά της κέρδη, χωρίς να θίγεται το κύρος των βιβλίων και στοιχείων.
3. Οι διατάξεις των προηγούμενων παραγράφων εφαρμόζονται για τις επιχειρήσεις που συνδέονται με σχέση άμεσης ή έμμεσης ουσιώδους διοικητικής ή οικονομικής εξάρτησης ή ελέγχου, λόγω συμμετοχής της μιας στο κεφάλαιο ή τη διοίκηση της άλλης ή λόγω συμμετοχής των ιδίων προσώπων στο κεφάλαιο ή στη διοίκηση και των δύο επιχειρήσεων.
4.Η διαφορά κερδών που προκύπτει από τις διατάξεις των παραγράφων 1 και 2, προσαυξάνει τα ακαθάριστα έσοδα της επιχείρησης που προκύπτουν από τα βιβλία της, προκειμένου τα έσοδα αυτά να ληφθούν υπόψη για τον προσδιορισμό των φόρων, τελών και εισφορών.
5. Για τον έλεγχο της εφαρμογής της παραγράφου 2 του παρόντος άρθρου, οι ελεγχόμενες επιχειρήσεις υποχρεούνται να τηρούν τα στοιχεία τεκμηρίωσης τιμών ενδοομιλικών συναλλαγών που καθορίζονται με τις διατάξεις του άρθρου 39Α του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος.
6. Όταν από τον έλεγχο διαπιστώνεται ότι συντρέχει περίπτωση εφαρμογής των διατάξεων της παραγράφου 2, η υπόθεση παραπέμπεται από την αρμόδια ελεγκτική σε ειδική επιτροπή της περίπτωσης γ΄ της παραγράφου 4 του άρθρου 66 η οποία αποφαίνεται αιτιολογημένα, λαμβάνοντας υπόψη τις διεθνώς αποδεκτές κατευθυντήριες οδηγίες του ΟΟΣΑ για τις τιμές μεταβίβασης για πολυεθνικές επιχειρήσεις και φορολογικές αρχές, για τη συνδρομή των προϋποθέσεων της παραγράφου 2 του παρόντος και για το ύψος της προσαύξησης των κερδών ανά περίπτωση. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Οικονομικών ρυθμίζεται κάθε αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή της παραγράφου αυτής.
7. Σε βάρος των επιχειρήσεων για τις οποίες συντρέχει περίπτωση εφαρμογής των διατάξεων του άρθρου αυτού, επιβάλλεται πρόστιμο που υπολογίζεται σε ποσοστό είκοσι τοις εκατό (20%) επί των επιπλέον καθαρών κερδών που προκύπτουν από τις διατάξεις του άρθρου αυτού. Το πρόστιμο αυτό επιβάλλεται ανεξάρτητα από την τυχόν επιβολή πρόσθετων φόρων, προσαυξήσεων και λοιπών κυρώσεων που προβλέπονται από τις διατάξεις που ισχύουν και καταβάλλεται εφάπαξ εντός του επόμενου μήνα από αυτόν εντός του οποίου γίνεται η βεβαίωση. Οι διατάξεις των άρθρων 69, 70, 71 και 74, καθώς και του άρθρου 9 του Ν. 2523/1997 (ΦΕΚ 179 Α) έχουν εφαρμογή και για το πρόστιμο αυτό, με εξαίρεση το πρώτο εδάφιο της παραγράφου 6 του άρθρου 9 του Ν. 2523/1997.
8. Οι διατάξεις του άρθρου αυτού έχουν εφαρμογή και για τα δικαιώματα ή τις αποζημιώσεις που καταβάλλονται μεταξύ ημεδαπών και αλλοδαπών επιχειρήσεων, εφόσον συνδέονται μεταξύ τους κατά την έννοια της παραγράφου 3, για τη χρησιμοποίηση τεχνικής βοήθειας, ευρεσιτεχνιών, σημάτων, σχεδίων, μυστικών βιομηχανικών μεθόδων και τύπων, πνευματικής ιδιοκτησίας και άλλων συναφών δικαιωμάτων, καθώς επίσης και για τα έξοδα διοικητικής υποστήριξης, οργάνωσης και αναδιοργάνωσης, και τα μισθώματα κινητών ή ακινήτων.
1. Ημεδαπές επιχειρήσεις που συνδέονται με άλλη επιχείρηση κατά την έννοια της παραγράφου 2 του άρθρου 39, υποχρεούνται να τηρούν Φάκελο Τεκμηρίωσης τιμών των ενδοομιλικών συναλλαγών τους. Ειδικά οι αλλοδαπές εμποροβιομηχανικές εταιρίες που έχουν εγκατασταθεί στην Ελλάδα με τις διατάξεις του Α.Ν. 89/67 (Α΄ 132) απαλλάσσονται από την υποχρέωση τεκμηρίωσης των ενδοομιλικών συναλλαγών τους. Επίσης, εξαιρούνται συναλλαγές με μία ή περισσότερες συνδεδεμένες επιχειρήσεις η αξία των οποίων δεν υπερβαίνει τις εκατό χιλιάδες (100.000) ευρώ αθροιστικά, εφόσον τα ακαθάριστα έσοδα της διαχειριστικής χρήσης για το σύνολο των συνδεδεμένων δεν υπερβαίνει τα πέντε εκατομμύρια ευρώ ή η αξία των οποίων δεν υπερβαίνει τις διακόσιες χιλιάδες (200.000) ευρώ εφόσον τα ακαθάριστα έσοδα της διαχειριστικής χρήσης για το σύνολο των συνδεδεμένων υπερβαίνει τα πέντε εκατομμύρια (5.000.000) ευρώ.
Ειδικά για τις υποκείμενες, κατά τα ανωτέρω, σε τεκμηρίωση συναλλαγές με μία ή περισσότερες συνδεδεμένες, η υποχρέωση τεκμηρίωσης των συναλλαγών αφορά σε συναλλαγές που υπερβαίνουν το ποσό των 20.000 ευρώ ανά κατηγορία συναλλαγής συνδεδεμένης.(Το τελευταίο εδάφιο της παρ. προστέθηκε με την παράγραφο 1 του άρθρου 91 του ν. 4182/2013 )
2. Οι διατάξεις της προηγούμενης παραγράφου εφαρμόζονται ανάλογα και για τις συναλλαγές του δευτέρου εδαφίου της παραγράφου 1 του άρθρου 39.
3. Ο «φάκελος τεκμηρίωσης» της παραγράφου 1 αποτελείται από:
α. Το «βασικό φάκελο τεκμηρίωσης», ο οποίος είναι κοινός για όλες τις εταιρίες του ομίλου και περιέχει κοινές τυποποιημένες πληροφορίες για όλες τις συνδεδεμένες εταιρίες και τα υποκαταστήματα του ομίλου,
β. Τον «ελληνικό φάκελο τεκμηρίωσης», ο οποίος συμπληρώνει το «βασικό φάκελο» της προηγούμενης περίπτωσης και περιέχει πρόσθετες πληροφορίες σχετικά με τις ελληνικές επιχειρήσεις του ομίλου, τις μόνιμες εγκαταστάσεις της αλλοδαπής επιχείρησης στην Ελλάδα ή τις μόνιμες εγκαταστάσεις της ελληνικής επιχείρησης στην αλλοδαπή.
4. Ο φάκελος τεκμηρίωσης καταρτίζεται πριν την έκδοση του φορολογικού πιστοποιητικού της παραγράφου 5 του άρθρου 82 και σε κάθε περίπτωση εντός πενήντα (50) ημερών από την ημερομηνία κλεισίματος της διαχειριστικής περιόδου. Συνοδεύεται από συνοπτικό πίνακα πληροφοριών, ο οποίος υποβάλλεται ηλεκτρονικά στη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων του Υπουργείου Οικονομικών μέσα στην ίδια προθεσμία, για ισολογισμούς που κλείνουν μετά τις 30.12.2012, και περιλαμβάνει πληροφορίες σχετικά με τη λειτουργική ταυτότητα της επιχείρησης, όπως τον όμιλο στον οποίο ανήκει, τις λειτουργίες που επιτελεί και τους κινδύνους που αναλαμβάνει, καθώς και κατάλογο με τις ενδοομιλικές συναλλαγές προς τεκμηρίωση, οι οποίες πραγματοποιούνται εντός της οικείας διαχειριστικής περιόδου και σύντομη περιγραφή της μεθόδου τεκμηρίωσης που εφαρμόζεται. Ο φάκελος τεκμηρίωσης τηρείται στην επιχείρηση και τίθεται στη διάθεση της αρμόδιας ελεγκτικής ς στα πλαίσια ελέγχου, εντός εύλογου χρόνου ο οποίος δεν μπορεί να υπερβαίνει τις τριάντα (30) ημέρες.
5. Ο φάκελος τεκμηρίωσης, όπως ισχύει για κάθε διαχειριστική περίοδο, διατηρείται όσο διαρκεί ο εκάστοτε οριζόμενος από τις φορολογικές διατάξεις χρόνος παραγραφής του δικαιώματος του Ελληνικού Δημοσίου για την επιβολή φόρου. Επίσης, διατηρείται οπωσδήποτε όσο χρόνο εκκρεμεί η σχετική υπόθεση ενώπιον Δικαστηρίου.
6. Σε περίπτωση επιγενόμενης μεταβολής των συνθηκών της αγοράς που επιφέρουν αλλαγές στα στοιχεία του φακέλου τεκμηρίωσης, η επιχείρηση υποχρεούται να προβαίνει σε επικαιροποίησή του, μέχρι το τέλος της διαχειριστικής περιόδου εντός της οποίας μεταβάλλονται οι πιο πάνω συνθήκες. Στην περίπτωση αυτή, η επιχείρηση υποχρεούται να υποβάλει τον συνοπτικό πίνακα που ορίζεται από την παράγραφο 5 στη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων του Υπουργείου Οικονομικών εντός πενήντα (50) ημερών από την ημερομηνία κλεισίματος της διαχειριστικής περιόδου εντός της οποίας πραγματοποιήθηκε η επικαιροποίηση.
7. Όσοι λαμβάνουν γνώση του φακέλου τεκμηρίωσης του παρόντος άρθρου, υποχρεούνται να τηρούν και να διαφυλάσσουν το απόρρητο αυτού, κατά τις κείμενες διατάξεις.
8. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, η οποία εκδίδεται εντός αποκλειστικής προθεσμίας ενός μηνός από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, καθορίζονται τα ειδικότερα θέματα τα οποία είναι αναγκαία για την εφαρμογή των διατάξεων των προηγούμενων παραγράφων και συγκεκριμένα, το υποχρεωτικό περιεχόμενο του Φακέλου Τεκμηρίωσης της παραγράφου 3, το περιεχόμενο του συνοπτικού πίνακα πληροφοριών, η γλώσσα στην οποία τηρούνται οι ως άνω πληροφορίες, το περιεχόμενο της απλούστερης και περιορισμένης τεκμηρίωσης της παραγράφου 4, οι μέθοδοι, τρόποι και διαδικασίες προσδιορισμού των τιμών των συναλλαγών αυτών, η διαδικασία επικαιροποίησης των φακέλων τεκμηρίωσης, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή των διατάξεων του παρόντος άρθρου. (Οι λέξεις «η οποία εκδίδεται εντός αποκλειστικής προθεσμίας ενός μήνα» της παραγράφου 8 διαγράφτηκαν με την παράγραφο 3γ του άρθρου 64 του ν.4170/2013 από τη δημοσίευση του νόμου στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, ήτοι 12/7/2013)