1. Κάθε διάταξη αντίθετη στις διατάξεις των άρθρων 1-13 δεν ισχύει σε θέματα που ρυθμίζονται από αυτά και παύουν να ισχύουν διοικητικά έγγραφα και εγκύκλιοι διαταγές, που αφορούν τις διατάξεις αυτές.
2. Όπου από τις κείμενες διατάξεις γίνεται παραπομπή στις διατάξεις του Κώδικα Φορολογικών Στοιχείων (π.δ. 99/1977, Α' 34) και του Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων (π.δ. 186/1992, Α' 84), μετά την ισχύ του παρόντος νόμου νοούνται οι συναφείς διατάξεις των άρθρων 1-12.
3. Όπου στις κείμενες διατάξεις γίνεται παραπομπή σε βιβλία δεύτερης κατηγορίας νοούνται τα απλογραφικά βιβλία των παραγράφων 16 έως και 22 του άρθρου 4 και όπου γίνεται παραπομπή σε βιβλία τρίτης κατηγορίας νοούνται τα διπλογραφικά βιβλία των παραγράφων 7 έως και 15 του άρθρου 4.
4. Αποφάσεις της Κεντρικής Επιτροπής Λογιστικών Βιβλίων, της Επιτροπής Λογιστικών Αμφισβητήσεων και της Επιτροπής Λογιστικών Βιβλίων εξακολουθούν να ισχύουν για το χρόνο που ορίζεται και τα θέματα που ρυθμίζονται αντίστοιχα από αυτές, εφόσον με τις διατάξεις του παρόντος Κώδικα υφίστανται οι σχετικές υποχρεώσεις.
5. Οι διατάξεις των άρθρων 5, 7 και 8 παύουν να ισχύουν την 1η Ιανουαρίου 2014. Οι διατάξεις των άρθρων 5 και 8 καταργούνται. Οι διατάξεις του Άρθρου 7 παύουν να ισχύουν την 1 η Ιανουαρίου 2015. (όπως αντικαταστάθηκε με την παρ.6 του άρθρου 51 του ν. 4223/13). Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών συστήνεται Ομάδα Εργασίας, προκειμένου να επεξεργασθεί και να υποβάλει μέχρι 30.6.2013 τις προτάσεις της για περαιτέρω απλοποίηση και βελτίωση των προβλεπομένων από τον παρόντα Κώδικα διατάξεων και αντίστοιχες τροποποιήσεις που απαιτούνται στην εμπορική και λογιστική νομοθεσία.»
2. α. Τα τρία πρώτα εδάφια της παραγράφου 21 του άρθρου 55 ν. 4002/2011 (Α' 180) αντικαθίστανται ως εξής: «21. Η τοποθέτηση και η λήξη θητείας των προϊσταμένων των κατωτέρω οργανικών μονάδων, επιπέδου Τμήματος, Υποδιεύθυνσης και Διεύθυνσης του Υπουργείου Οικονομικών, διενεργείται χωρίς τη διαδικασία που προβλέπεται στις διατάξεις των άρθρων 84, 85 και 86 του Υπαλληλικού Κώδικα (ν. 3528/2007, Α' 26) και του άρθρου πέμπτου του ν. 3839/2010 (Α' 51), με μόνη απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, για θητεία ενός έτους που μπορεί να ανανεώνεται μέχρι δύο φορές ή να διακόπτεται πριν τη λήξη της, με όμοια απόφαση και κύριο κριτήριο την επίτευξη των ποιοτικών και ποσοτικών στόχων που τους έχουν τεθεί.
Οι υπάλληλοι που τοποθετούνται προϊστάμενοι σε αυτές τις οργανικές μονάδες πρέπει να διαθέτουν τα τυπικά προσόντα που προβλέπονται για τη θέση που καταλαμβάνουν, σύμφωνα με τις παραγράφους 1, 2 και
3 του άρθρου 84 του Υπαλληλικού Κώδικα, να μην έχει επιβληθεί σε βάρος τους οποιαδήποτε ποινή και να μην εκκρεμεί πειθαρχική δίωξη.
Με την απόφαση τοποθέτησης καθορίζονται ποσοτικοί και ποιοτικοί στόχοι για κάθε τρίμηνο της θητείας και για κάθε οργανική μονάδα, οι οποίοι ελέγχονται ανά τρίμηνο.»
β. Σε περίπτωση που οι αποφάσεις τοποθέτησης, που έχουν εκδοθεί μέχρι τη δημοσίευση του παρόντος νόμου, καθορίζουν ποσοτικούς και ποιοτικούς στόχους σε ετήσια βάση, οι στόχοι αυτοί κατανέμονται αναλογικά σε κάθε τρίμηνο της θητείας.
γ. Στο τέλος του στοιχείου ε' του πέμπτου εδαφίου της παραγράφου 21 του άρθρου 55 του ν. 4002/2011 (Α' 180) προστίθενται οι λέξεις: «και όσες άλλες Δ.Ο.Υ. διατηρούνται σε λειτουργία.»
δ. Το στοιχείο στ' του πέμπτου εδαφίου της παραγράφου 21 του άρθρου 55 του ν. 4002/2011 καταργείται και το στοιχείο ζ' του ίδιου ως άνω εδαφίου αναριθμείται ως στοιχείο στ'.
ε. Στο τέλος της παραγράφου 3 του άρθρου 4 του ν. 3943/2011 (Α' 66) προστίθενται δύο εδάφια ως εξής: «Οι ελεγκτές αξιολογούνται σε τριμηνιαία βάση στη βάση του αριθμού και του είδους των ελέγχων, καθώς και των επιτευχθέντων εσόδων. Αμέσως μετά την επιλογή των ελεγκτών συνάπτεται συμβόλαιο αποδοτικότητας, στο οποίο εξειδικεύονται οι συγκεκριμένοι στόχοι που οφείλουν να εκπληρώσουν.»
στ. Κατ’ εξαίρεση, για χρονικό διάστημα έξι μηνών από τη δημοσίευση του παρόντος νόμου, οι θέσεις Ελεγκτών Βεβαίωσης και Αναγκαστικής Είσπραξης των Εσόδων του Κράτους προκηρύσσονται και οι υποψήφιοι επιλέγονται από πίνακα που καταρτίζει η Ειδική Επιτροπή που προβλέπεται στην παράγραφο 16 του άρθρου 4 του ν. 3943/2011 (Α' 66) μετά από συνέντευξη, προκειμένου η Επιτροπή να διαμορφώσει γνώμη για την προσωπικότητα και την ουσιαστική ικανότητα άσκησης των ειδικών καθηκόντων της θέσης. Για το χρονικό αυτό διάστημα, δεν απαιτείται η διενέργεια της προβλεπόμενης στο προηγούμενο εδάφιο συνέντευξης στην περίπτωση της επιλογής υπαλλήλων με τουλάχιστον διετή προηγούμενη εμπειρία σε ελεγκτικά καθήκοντα.