Η Γενική Γραμματεία εκπονεί προγράμματα συντονισμένης δράσης για την καταπολέμηση της διαφθοράς στο πλαίσιο της εθνικής στρατηγικής. Τα προγράμματα αυτά τα απευθύνει στους κατά περίπτωση αρμόδιους διοικητικούς φορείς, οι οποίοι, κατά την εκτέλεσή τους, έχουν την υποχρέωση να συντονίζουν τις ενέργειές τους για την υλοποίηση της παραπάνω στρατηγικής.
