1. Ο προϊστάμενος της ελεγκτικής υπηρεσίας ελέγχει την ακρίβεια των επιδιδόμενων δηλώσεων και προβαίνει σε έρευνα για την εξακρίβωση των υπόχρεων που δεν έχουν υποβάλει δήλωση. Για το σκοπό αυτό δικαιούται:
α) Να καλεί εγγράφως τον υπόχρεο, ανεξάρτητα αν έχει υποβάλει ή όχι φορολογική δήλωση, να δώσει μέσα σε τακτή και σύντομη προθεσμία, είτε αυτοπροσώπως είτε με εντολοδόχο που ορίζεται με δήλωσή του προς την ελεγκτική υπηρεσία, τις αναγκαίες διευκρινίσεις και να προσκομίσει κάθε λογαριασμό και κάθε στοιχείο που είναι χρήσιμο για τον καθορισμό του εισοδήματος.
β) Να ζητεί από κάθε φορέα της Γενικής Κυβέρνησης, όπως αυτή ορίζεται στο άρθρο 1Β του Ν.2362/1995 (ΦΕΚ 247 Α΄), που έχει προστεθεί με το άρθρο 2 του Ν.3871/2010 (ΦΕΚ 141 Α΄), κάθε χρηματοπιστωτικό ίδρυμα, ιδιωτική επιχείρηση και γενικά από κάθε οργάνωση επαγγελματική, εμπορική, βιομηχανική, γεωργική κ.λπ. οποιαδήποτε πληροφορία θεωρεί αναγκαία για τη διευκόλυνση του ελεγκτικού έργου του, οι οποίοι υποχρεούνται να την παρέχουν. Για την εκπλήρωση της υποχρέωσης αυτής, οποιασδήποτε μορφής γενικό ή ειδικό απόρρητο αίρεται με πράξη του Εισαγγελέα Οικονομικού Εγκλήματος, μετά από αίτημα του οργάνου που διενεργεί τον έλεγχο και σύμφωνη γνώμη του προϊσταμένου της Γενικής Διεύθυνσης Φορολογικών Ελέγχων.
γ) Να καλεί οποιοδήποτε πρόσωπο και να ζητεί από αυτό τις πληροφορίες που είναι αναγκαίες για τη διευκόλυνση του ελεγκτικού έργου του και οι οποίες δίνονται εγγράφως.
δ) Να ενεργεί, είτε ο ίδιος είτε ο οριζόμενος με έγγραφη εντολή του υπάλληλος της ελεγκτικής υπηρεσίας ή άλλος δημόσιος υπάλληλος ή άλλη αρχή, οποιαδήποτε επιτόπια εξέταση που θα κρίνει αναγκαία και ειδικά, προκειμένου για υπόχρεους που υπάγονται στις διατάξεις του Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων και σύμφωνα με αυτές.
ε) Να ενεργεί, είτε ο ίδιος είτε ο οριζόμενος με έγγραφη εντολή του υπάλληλος της ελεγκτικής υπηρεσίας, ελεγκτικές επαληθεύσεις στα βιβλία και στοιχεία επιτηδευματία αρμοδιότητας άλλου προϊσταμένου Δ.Ο.Υ., που έχει την έδρα του στην ίδια πόλη ή στον ίδιο νομό, για να διαπιστώνει την ακρίβεια των δεδομένων των στοιχείων και βιβλίων επιτηδευματία ο οποίος υπάγεται στη δική του ελεγκτική αρμοδιότητα, καλώντας τον επιτηδευματία να προσκομίσει τα ζητούμενα βιβλία και στοιχεία στα γραφεία της ελεγκτικής υπηρεσίας. Ο έλεγχος του άλλου επιτηδευματία περιορίζεται στη διαδικασία διασταύρωσης στοιχείων που φέρεται ως εκδότης ή λήπτης αυτών, με τα δεδομένα των βιβλίων και στοιχείων του. Στον έλεγχο αυτό δεν έχουν εφαρμογή οι διατάξεις των παραγράφων 3 και 4 του άρθρου 36 του Π.Δ. 186/1992 (όπως αντικαταστάθηκε με την παράγραφο 2 του άρθρου 8 του νόμου 3943/2011)
2. Ο προϊστάμενος της δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας κατά τον υπολογισμό και την εκκαθάριση του φόρου δεν λαμβάνει υπόψη λέξεις, ποσά και αριθμούς που έχουν αναγραφεί στις ενδείξεις της ετήσιας δήλωσης του υπόχρεου και συνεπάγονται τη διενέργεια μειώσεων ή εκπτώσεων του εισοδήματος ή του φόρου ή διαμορφώνουν το αφορολόγητο ποσό ή την ετήσια αντικειμενική δαπάνη, εφόσον δεν συνυποβάλλονται από τον υπόχρεο τα νόμιμα στοιχεία που αποδεικνύουν άμεσα τη συνδρομή των προϋποθέσεων, με βάση όσα ορίζονται στις κείμενες διατάξεις. Αριθμητικά λάθη στις αθροίσεις και στις μεταφορές, καθώς και αναριθμητισμοί, που αφορούν στην ορθή συμπλήρωση της ετήσιας δήλωσης του υπόχρεου, διορθώνονται οίκοθεν από τον προϊστάμενο της δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας, με βάση τα στοιχεία που έχει στη διάθεσή του.
Το περιεχόμενο του σημειώματος υπολογισμού και εκκαθάρισης του φόρου αυτής της παραγράφου μπορεί να αμφισβητηθεί από το φορολογούμενο με κάθε αποδεικτικό μέσο ενώπιον του προϊσταμένου του διοικητικού πρωτοδικείου ή της δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας, κατά τα οριζόμενα από τον Κώδικα Φορολογικής Δικονομίας. Το δικαίωμα αυτό του φορολογουμένου ασκείται από την ημερομηνία έκδοσης του οικείου χρηματικού καταλόγου μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου του οικείου οικονομικού έτους.
Αν ο φορολογούμενος λάβει αυτό το σημείωμα μετά τις 31 Δεκεμβρίου του οικείου οικονομικού έτους, η αμφισβήτηση ασκείται μέσα στις προθεσμίες που ορίζονται στο άρθρο 66 του Ν. 2717/1999 .
Η εκκαθάριση και καταβολή του φόρου δεν αναστέλλεται από τη διαδικασία αυτή.
Οι διατάξεις αυτής της παραγράφου εφαρμόζονται ανάλογα και στην περίπτωση που η δήλωση φορολογίας εισοδήματος του υπόχρεου υποβάλλεται ηλεκτρονικά μέσω διαδικτύου, εφόσον ο υπόχρεος δεν υποβάλλει τα οικεία δικαιολογητικά μέχρι το τέλος Ιουλίου του οικείου οικονομικού έτους.
3. Με αποφάσεις του Υπουργού Οικονομικών, μπορεί να καθορίζονται οι ελεγκτικές επαληθεύσεις που πρέπει να διενεργούνται και οι αρχές, οι κανόνες, τα στοιχεία, τα κριτήρια και γενικά ο τρόπος και οι διαδικασίες που πρέπει να ακολουθούνται, κατά τον έλεγχο των δηλώσεων που προβλέπεται από το πρώτο εδάφιο της παρ. 1, για ορισμένες ή και όλες τις κατηγορίες εισοδημάτων, ανάλογα και με την προέλευση και το ύψος αυτών, καθώς και ειδικός τρόπος επίλυσης των φορολογικών διαφορών που προκύπτουν από τον έλεγχο αυτόν. Σε δηλώσεις που ελέγχονται σύμφωνα με τις αποφάσεις του προηγούμενου εδαφίου αλλά δεν επέρχεται επίλυση της φορολογικής διαφοράς, μπορεί με τις αποφάσεις αυτές να ορίζεται η διενέργεια προσθετών ελεγκτικών επαληθεύσεων. Για τις δηλώσεις αυτές εκδίδονται και κοινοποιούνται τα σχετικά φύλλα ελέγχου ή οι πράξεις και ακολουθείται η οριζόμενη από τις οικείες φορολογικές διατάξεις διαδικασία. Με τις ίδιες αποφάσεις μπορεί να καθορίζεται ειδικός τρόπος επίλυσης των φορολογικών διαφορών που προκύπτουν και από τον έλεγχο δηλώσεων που δεν εμπίπτουν στον τρόπο ελέγχου των αποφάσεων αυτών και να ορίζονται οι προϋποθέσεις που πρέπει να πληρούνται στις περιπτώσεις αυτές.
Με αποφάσεις του Υπουργού Οικονομικών μπορεί επίσης να καθορίζεται ειδικός τρόπος έκδοσης των καταλογιστικών πράξεων που αφορούν τις δηλώσεις που ελέγχονται κατά τα οριζόμενα στο πρώτο εδάφιο καθώς και βεβαίωσης των οικείων διαφορών, με την έκδοση ενιαίας ανά φορολογικό αντικείμενο πράξης για όλες τις χρήσεις για τις οποίες επέρχεται επίλυση των διαφορών.
Με αποφάσεις του Υπουργού Οικονομίας και Οικονομικών μπορεί επίσης να καθορίζεται κατά ειδικό τρόπο η αρμοδιότητα ελέγχου καθώς και έκδοσης των οικείων φύλλων ελέγχου και λοιπών καταλογιστικών πράξεων και όλης γενικά της διαδικασίας επιβολής και βεβαίωσης του φόρου, επί ανέλεγκτων δηλώσεων ελεγκτικής αρμοδιότητας των Δ.Ο.Υ, στις περιπτώσεις που για τον έλεγχο των δηλώσεων αυτών είναι αρμόδιες για οποιονδήποτε λόγο περισσότερες από μια Δ.Ο.Υ. Οι διατάξεις του προηγούμενου εδαφίου της παραγράφου αυτής ισχύουν ανάλογα και για τις λοιπές φορολογίες, ανεξάρτητα αν για τον έλεγχο των οικείων δηλώσεων και την επιβολή του φόρου είναι αρμόδιες μία ή περισσότερες Δ.Ο.Υ. Τα οριζόμενα στα προηγούμενα εδάφια ισχύουν ανάλογα και ως προς τον Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων (Κ.Β.Σ.). (τα 3 τελευταία εδάφια προστέθηκαν με την παράγραφο 2 του άρθρου 13 του ν. 3522/2006)
4. Με αποφάσεις του Υπ. Οικονομικών, οι οποίες δημοσιεύονται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως:
α) Συνιστώνται ειδικά ελεγκτικά κέντρα, στα οποία παρέχεται η αρμοδιότητα για το φορολογικό έλεγχο ορισμένων επιχειρήσεων, ανεξάρτητα από τη μορφή ή τον τύπο με τον οποίο λειτουργούν ή το είδος τους ή την κατηγορία των βιβλίων που τήρησαν και καθορίζεται ο αριθμός αυτών, η χωρική τους αρμοδιότητα, η οργάνωση, η στελέχωση και ο τρόπος λειτουργίας τους, καθώς και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια που είναι αναγκαία για την εφαρμογή των διατάξεων αυτής της περίπτωσης.
β) Μπορεί να ανατίθεται η διενέργεια ελέγχου σε προϊστάμενο δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας που δεν είναι καθ΄ ύλη και κατά τόπο αρμόδιος. Όλη η υπόλοιπη, εκτός από τη διενέργεια του ελέγχου, διαδικασία επιβολής του φόρου ενεργείται από τον καθ΄ ύλη και κατά τόπο αρμόδιο προϊστάμενο της δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας.
γ) Συνιστώνται στα ελεγκτικά κέντρα που προβλέπονται από το άρθρο 3 του Ν.2343/1995 (ΦΕΚ 211 Α΄) ειδικές Επιτροπές, στις οποίες θα ανατίθεται ο έλεγχος των δαπανών των περιπτώσεων ι΄ και ιη΄ της παραγράφου 1 του άρθρου 31 του παρόντος, όταν αυτές υπερβαίνουν τα κατά περίπτωση όρια. Με τις ίδιες αποφάσεις του Υπουργού Οικονομικών ή και με άλλες καθορίζεται η σύνθεση των Επιτροπών αυτών, ο τρόπος λειτουργίας τους, οι διαδικασίες που πρέπει να ακολουθούνται κατά τον έλεγχο των ως άνω δαπανών, τα δικαιολογητικά που υποβάλλουν οι ελεγχόμενες επιχειρήσεις και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια.
Το δεύτερο εδάφιο της προηγούμενης περίπτωσης β΄ εφαρμόζεται ανάλογα και στην παρούσα περίπτωση. (Η γ' προστέθηκε με την παράγραφο 16 του άρθρου 4 του ν. 2873/2000 )
5.Τα δικαιώματα ελέγχου, που αναφέρονται στις παραγράφους 1 και 4, έχουν και οι επιθεωρητές των δημόσιων οικονομικών υπηρεσιών, οι οποίοι μπορεί να διατάσσουν και επανέλεγχο για οποιαδήποτε φορολογική υπόθεση με υπαλλήλους της αρμόδιας δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας ή με άλλους υπαλλήλους των δημόσιων οικονομικών υπηρεσιών που εποπτεύουν, οι οποίοι μετακινούνται για το σκοπό αυτόν με απόφαση τους.
6. Όσοι, καλούμενοι σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος, αρνούνται ή παραλείπουν αναιτιολογήτως να δώσουν πληροφορίες για την εξακρίβωση του εισοδήματος και να διευκολύνουν το ελεγκτικό έργο του προϊσταμένου της δημόσιας οικονομικής υπηρεσίας, υπόκεινται στο πρόστιμο που ορίζεται από το άρθρο 87.
7. Σε δίκες για αδικήματα που διαπράχθηκαν εναντίον υπαλλήλων ή επιθεωρητών του Υπουργείου Οικονομικών, οι οποίοι ενήργησαν για το συμφέρον της υπηρεσίας, μπορεί, ύστερα από προηγούμενη έγκριση του Υπουργού Οικονομικών, να παρίσταται για την υπεράσπιση τους, ενώπιον των ποινικών δικαστηρίων, εκπρόσωπος της νομικής διεύθυνσης του Υπ. Οικονομικών.
8. Επιφυλλασσομένης της εφαρμογής της διατάξεως της παραγράφου 3 του παρόντος, από τις ανέλεγκτες δηλώσεις, των οποίων επίκειται ο χρόνος παραγραφής, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 84, ελέγχονται υποχρεωτικά κατά προτεραιότητα οι δηλώσεις με τα μεγαλύτερα εισοδήματα.
Στις περιπτώσεις που δεν καθίσταται εφικτός ο έλεγχος των υπόλοιπων δηλώσεων μέχρι να συμπληρωθεί ο χρόνος της παραγραφής, οι δηλώσεις αυτές περαιώνονται με έλεγχο, που καθορίζεται με αποφάσεις του Υπουργού Οικονομικών.
Παραγραφή του δικαιώματος του Δημοσίου προς επιβολή φόρου, λόγω εφαρμογής της διατάξεως της παραγράφου 3, δεν δημιουργεί πειθαρχική ευθύνη φοροτεχνικών υπαλλήλων.
9. Ο υπόχρεος, προ της έκδοσης του φύλλου ελέγχου ή της πράξης, μπορεί να λάβει γνώση του αποτελέσματος του ελέγχου της παραγράφου 3 του άρθρου αυτού και να υποβάλει αρχική ή συμπληρωματική δήλωση. Στην περίπτωση αυτήν, οι προβλεπόμενες κατά φορολογικό αντικείμενο προσαυξήσεις ή πρόστιμα μειώνονται στο 1/5 για υποθέσεις οικονομικού έτους 1991 και παλαιότερα.
10. Ο προϊστάμενος της Δ.Ο.Υ. και ο υπάλληλος που ορίζεται από αυτόν δικαιούται, οποιαδήποτε εργάσιμη για τον υπόχρεο ώρα, να λαμβάνει γνώση, να ελέγχει και να θεωρεί όλα τα βιβλία και στοιχεία που ορίζονται από τον Κώδικα Φορολογικής Απεικόνισης Συναλλαγών (Κ.Φ.Α.Σ.) ή άλλους νόμους, καθώς και αυτά που τηρούνται προαιρετικά από τον υπόχρεο και να λαμβάνει γνώση οποιουδήποτε άλλου βιβλίου, εγγράφου ή στοιχείου και κάθε περιουσιακού στοιχείου που βρίσκεται στην επαγγελματική εγκατάσταση του επιτηδευματία ή στο κατάστημα κάθε άλλου υπόχρεου. Ο έλεγχος των βιβλίων και στοιχείων που ορίζονται από τον Κώδικα αυτό γίνεται στην επαγγελματική εγκατάσταση του επιτηδευματία ή στην έδρα της Δ.Ο.Υ. ή της ελεγκτικής υπηρεσίας μετά από έγγραφη πρόσκληση του προϊσταμένου αυτής.
11. Αν κατά τη διάρκεια φορολογικού ελέγχου διαπιστωθεί η ύπαρξη βιβλίων, στοιχείων ή εγγράφων, επίσημων ή ανεπίσημων, από τα οποία είναι ενδεχόμενο να προκύπτει απόκρυψη φορολογητέας ύλης, κατάσχονται από τον υπάλληλο που ενεργεί το φορολογικό έλεγχο και παραδίδονται στον αρμόδιο προϊστάμενο της Δ.Ο.Υ., ο οποίος εφόσον με βάση αυτά ενεργεί φορολογική εγγραφή, τα διαφυλάσσει μέχρι την τελεσιδικία αυτής. Για τις κατασχέσεις της παραγράφου αυτής εφαρμόζονται ανάλογα οι διατάξεις των πέντε τελευταίων εδαφίων της επόμενης παραγράφου.
12. Ο προϊστάμενος της Δ.Ο.Υ. ή ο αρμόδιος Επιθεωρητής, στις περιπτώσεις που υπάρχουν βάσιμες υπόνοιες ότι στην επαγγελματική εγκατάσταση του επιτηδευματία ή στο κατάστημα οποιουδήποτε άλλου υπόχρεου αποκρύπτονται βιβλία, έγγραφα, εμπορεύματα ή άλλα στοιχεία, τα οποία ασκούν επιρροή στον ακριβή προσδιορισμό της φορολογητέας ύλης, μπορεί, με έγγραφο του να ζητήσει από τον Εισαγγελέα Πλημμελειοδικών και, αν δεν υπάρχει αυτός, από τον Ειρηνοδίκη της περιφέρειας, όπου υπάγεται η επαγγελματική εγκατάσταση του επιτηδευματία ή το κατάστημα άλλου υπόχρεου, τη συνδρομή ανακριτικού υπαλλήλου για την έρευνα προς ανεύρεση των βιβλίων ή εγγράφων ή εμπορευμάτων ή άλλων στοιχείων, με τη σύμπραξη φοροτεχνικών υπαλλήλων, που ορίζονται από τον προϊστάμενο της Δ.Ο.Υ. ή τον αρμόδιο Επιθεωρητή.
Η έρευνα ενεργείται σε οποιαδήποτε για τον υπόχρεο εργάσιμη ώρα. Τα βιβλία, έγγραφα και λοιπά στοιχεία που βρίσκονται, κατάσχονται και παραδίδονται στον αρμόδιο προϊστάμενο Δ.Ο.Υ., ο οποίος, εφόσον με βάση αυτά ενεργεί φορολογική εγγραφή, τα φυλάσσει μέχρι την τελεσιδικία αυτής. Για την έρευνα και την κατάσχεση συντάσσεται έκθεση, η οποία υπογράφεται από αυτούς που ενεργούν την κατάσχεση και τον επιτηδευματία ή τον παρόντα κατά τη διενέργεια του ελέγχου εταίρο ή μέλος ή συγγενικό προς τους ανωτέρω πρόσωπο ή πρόσωπο που μετέχει στη διοίκηση ή διαχείριση ή υπάλληλο ή λογιστή της επιχείρησης.
Αντίγραφο της έκθεσης παραδίδεται στον υπόχρεο ή στο παριστάμενο, κατά τις διακρίσεις του προηγούμενου εδαφίου, πρόσωπο.
Σε περίπτωση άρνησης των παραπάνω να υπογράψουν, εφαρμόζονται οι σχετικές με τις κοινοποιήσεις διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Δικονομίας. Ο ελεγχόμενος δικαιούται να λάβει αντίγραφα ή φωτοτυπίες των κατασχεθέντων βιβλίων, στοιχείων και λοιπών εγγράφων, με δαπάνες του. Για την κατάσχεση βιβλίων, εγγράφων και λοιπών στοιχείων τρίτου φορολογούμενου δεν απαιτείται επίδοση της έκθεσης κατάσχεσης σε αυτόν, με την προϋπόθεση ότι στην έκθεση ελέγχου, που επισυνάπτεται στην απόφαση επιβολής προστίμου σε βάρος του τρίτου, επισυνάπτεται αντίγραφο της σχετικής έκθεσης κατάσχεσης ή απόσπασμα αυτής.
13. Τα δικαιώματα του αρμόδιου προϊσταμένου Δ.Ο.Υ. που ορίζονται από τις διατάξεις των παραγράφων 10 και 11 του άρθρου αυτού ενασκούνται παράλληλα και από τους Γενικούς Διευθυντές Φορολογίας, Επιθεώρησης και Ελέγχων, καθώς και από τους προϊσταμένους του Σώματος Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος (Σ.Δ.Ο.Ε.). (οι παρ. 10, 11, 12 και 13 προστέθηκαν με την παράγραφο 5 του άρθρου 8 του ν. 4110/2013, ισχύουν από 23/01/2013 και μετά.)